Rhodopsin-like receptors

Rhodopsin-like receptors

Rhodopsin-like receptors
Identifiers
Symbol 7tm_1
Pfam InterPro PROSITE PDOC00211
SCOP SUPERFAMILY OPM superfamily OPM protein 1gzm

Rhodopsin-like receptors are a family of proteins that comprise the largest group of G protein-coupled receptors.[2]

Scope

G-protein-coupled receptors, GPCRs, constitute a vast protein family that encompasses a wide range of functions (including various autocrine, paracrine, and endocrine processes). They show considerable diversity at the sequence level, on the basis of which they can be separated into distinct groups. GPCRs are usually described as "superfamily" because they embrace a group of families for which there are indications of evolutionary relationship, but between which there is no statistically significant similarity in sequence.[2] The currently known superfamily members include the rhodopsin-like GPCRs (this family), the secretin-like GPCRs, the cAMP receptors, the fungal mating pheromone receptors, and the metabotropic glutamate receptor family. There is a specialised database for GPCRs.[3]

Function

The rhodopsin-like GPCRs themselves represent a widespread protein family that includes hormones, neurotransmitters, and light receptors, all of which transduce extracellular signals through interaction with guanine nucleotide-binding (G) proteins. Although their activating ligands vary widely in structure and character, the amino acid sequences of the receptors are very similar and are believed to adopt a common structural framework comprising 7 transmembrane (TM) helices.[4][5][6]

Classes

Rhodopsin-like GPCRs have been classified into the following 19 subgroups (A1-A19) based on a phylogenetic analysis.[7]

Subfamily A1

  • IPR000355
    • CCR1, CKR1)
    • CCR2, CKR2)
    • CCR3, CKR3)
    • CCR4, CKR4)
    • CCR5, CKR5)
    • CCR8, CKR8)
    • CCRL2, CKRX)
  • IPR005393
  • IPR005387
  • GPR137B, TM7SF1)

Subfamily A2

  • IPR000355
    • CCRL1 CCRL1, CCR11)
    • CCR6, CKR6)
    • CCR7, CKR7)
    • CCR9, CKR9)
    • CCR10, CKRA)
  • IPR001053
    • CXCR3)
    • CXCR4, Fusin)
    • CXCR5)
    • CXCR6, BONZO)
    • IPR001416
  • IPR000174 (IL8R)
    • IL8RA, CXCR1)
    • IL8RB, CXCR2)
  • GPR182)
  • DARC, DUFF)
  • GPER, CML2, GPCR estrogen receptor)

Subfamily A3

  • IPR000248
    • AGTR1, AG2S)
    • AGTR2, AG22)
    • IPR003904
  • IPR000496
    • BDKRB1, BRB1)
    • BDKRB2, BRB2)
  • GPR15, GPRF)
  • GPR25)

Subfamily A4

  • IPR001418
    • delta Opioid receptor (OPRD1, OPRD)
    • kappa Opioid receptor (OPRK1, OPRK)
    • mu Opioid receptor (OPRM1, OPRM)
    • OPRL1, OPRX)
  • IPR000586
    • SSTR1, SSR1)
    • SSTR2, SSR2)
    • SSTR3, SSR3)
    • SSTR4, SSR4)
    • SSTR5, SSR5)
  • IPR009150
    • NPBWR1, GPR7)
    • NPBWR2, GPR8)
  • IPR002275

Subfamily A5

  • IPR000405
    • GALR1, GALR)
    • GALR2, GALS)
    • GALR3, GALT)
  • Cysteinyl leukotriene receptor IPR004071
    • CYSLTR1)
    • CYSLTR2)
  • IPR003981
    • LTB4R, P2Y7)
    • LTB4R2)
  • IPR008112
    • RXFP1, LGR7)
    • RXFP2, GPR106)
    • RXFP3, SALPR)
    • RXFP4, GPR100/GPR142)
  • IPR008103
  • IPR008361
  • IPR000670

Subfamily A6

  • IPR009126
    • CCKAR, CCKR)
    • CCKBR, GASR)
  • IPR005395
    • NPFFR1, FF1R)
    • NPFFR2, FF2R)
  • IPR000204
    • HCRTR1, OX1R)
    • HCRTR2, OX2R)
  • IPR001817
    • AVPR1A, V1AR)
    • AVPR1B, V1BR)
    • AVPR2, V2R)
  • IPR001658
  • QRFPR, GPR103)
  • GPR22, GPRM)
  • GPR176, GPR)

Subfamily A7

  • IPR001556
    • BRS3)
    • NMBR)
    • GRPR)
  • IPR000499
    • EDNRA, ET1R)
    • EDNRB, ETBR)
    • IPR003909
  • IPR005390
    • NMUR1)
    • NMUR2)
  • IPR003984
    • NTSR1, NTR1)
    • NTSR2, NTR2)
  • IPR009144
  • IPR003905
  • GPR39)
  • MLNR, GPR38)

Subfamily A8

  • IPR002234
    • C3AR1, C3AR)
    • C5AR1, C5AR)
    • IPR002258
  • IPR000826
    • FPR1, FMLR)
    • FPRL1, FML2)
    • FPRL2, FML1)
  • IPR000820
    • MAS1, MAS)
    • MAS1L, MRG)
  • GPR1)
  • GPR32, GPRW)
  • GPR44)
  • GPR77, C5L2)

Subfamily A9

  • IPR000025
    • MTNR1A, ML1A)
    • MTNR1B, ML1B)
  • IPR001681
    • TACR1, NK1R)
    • TACR2, NK2R)
    • TACR3, NK3R)
  • IPR000611
    • NPY1R, NY1R)
    • NPY2R, NY2R)
    • PPYR1, NY4R)
    • NPY5R, NY5R)
  • IPR001402
  • PROKR1, GPR73)
  • PROKR2, PKR2)
  • GPR19, GPRJ)
  • GPR50, ML1X)
  • GPR75)
  • GPR83, GPR72)

Subfamily A10

  • Glycoprotein hormone receptor IPR002131
    • FSH-receptor (FSHR)
    • LHCGR, LSHR)
    • TSHR)
  • LGR4, GPR48)
  • LGR5, GPR49)
  • LGR6)

Subfamily A11

  • IPR013312
    • FFAR1, GPR40)
    • FFAR2, GPR43)
    • FFAR3, GPR41)
    • GPR42, FFAR1L)
  • IPR002286
    • P2RY1)
    • P2RY2)
    • P2RY4)
    • P2RY6)
    • P2RY8)
    • P2RY11)
  • HCAR1, GPR81)
  • HCAR2, GPR109A)
  • HCAR3, GPR109B, HM74)
  • GPR31, GPRV)
  • GPR82)
  • OXGR1, GPR80)
  • SUCNR1, GPR91)

Subfamily A12

  • IPR002286
    • P2RY12)
    • IPR008109
    • IPR005466
  • GPR34)
  • GPR87)
  • GPR171, H963)
  • IPR002282

Subfamily A13

  • IPR002230
    • CNR1, CB1R)
    • CNR2, CB2R)
  • IPR004065
    • LPAR1)
    • LPAR2)
    • LPAR3)
  • IPR004061
    • S1PR1)
    • S1PR2)
    • S1PR3)
    • S1PR4)
    • S1PR5)
  • IPR001671
    • Melanocortin 1 receptor (MC1R, MSHR)
    • MC3R)
    • MC4R)
    • MC5R)
    • MC2R), ACTR)
  • GPR3)
  • GPR6)
  • GPR12, GPRC)

Subfamily A14

  • IPR008365
    • PTGDR, PD2R)
    • PTGER1, PE21)
    • PTGER2, PE22)
    • PTGER3, PE23)
    • PTGER4, PE24)
    • PTGFR, PF2R)
    • PTGIR, PI2R)
    • TBXA2R, TA2R)

Subfamily A15

  • IPR004065
    • LPAR4)
    • LPAR5)
    • IPR002188
  • IPR002286
    • P2RY10, P2Y10)
  • IPR003912
    • Coagulation factor II (thrombin) receptor-like 1 (F2RL1, PAR2)
    • F2RL2, PAR3)
    • F2RL3, PAR4)
  • GPR183)
  • Proton-sensing G protein-coupled receptors
    • IPR002276
    • IPR005464
    • IPR005389
    • IPR005388
  • GPR17, GPRH)
  • GPR18, GPRI)
  • GPR20, GPRK)
  • GPR35)
  • GPR55)
  • F2R, THRR)

Subfamily A16

    • RHO, OPSD)
    • OPN1SW, OPSB) (blue-sensitive opsin)
    • OPN1MW, OPSG) (green-sensitive opsin)
    • OPN1LW, OPSR) (red-sensitive opsin)
    • OPN3)
    • OPN4)
    • OPN5, GPR136)
    • RGR)
    • IPR001793

Subfamily A17

  • IPR002231
    • HTR2A, 5H2A)
    • HTR2B, 5H2B)
    • HTR2C, 5H2C)
    • IPR002232
  • IPR002233
    • ADRA1A, A1AA)
    • ADRA1B, A1AB)
    • ADRA1D, A1AD)
    • ADRA2A, A2AA)
    • ADRA2B, A2AB)
    • ADRA2C, A2AC)
    • ADRB1, B1AR)
    • ADRB2, B2AR)
    • ADRB3, B3AR)
  • IPR000929
    • DRD1, DADR)
    • DRD2, D2DR)
    • DRD3, D3DR)
    • DRD4, D4DR)
    • DRD5, DBDR)
  • IPR009132
    • TAAR1, TAR1)
    • TAAR2, GPR58)
    • TAAR3, GPR57)
    • TAAR5, PNR)
    • TAAR6, TAR4)
    • TAAR8, GPR102)
    • TAAR9, TAR3)
  • IPR000503

Subfamily A18

  • IPR000921
  • IPR003980
  • IPR008102
  • IPR001634
    • ADORA1, AA1R)
    • ADORA2A, AA2A)
    • ADORA2B, AA2B)
    • ADORA3, AA3R)
  • IPR000995
    • CHRM1, ACM1)
    • CHRM2, ACM2)
    • CHRM3, ACM3)
    • CHRM4, ACM4)
    • CHRM5, ACM5)
  • GPR21, GPRL)
  • GPR27)
  • GPR45, PSP24)
  • GPR52)
  • GPR61)
  • GPR62)
  • GPR63)
  • GPR78)
  • GPR84)
  • GPR85)
  • GPR88)
  • GPR101)
  • GPR161, RE2)
  • GPR173, SREB3)

Subfamily A19

  • IPR002231
    • HTR1A, 5H1A)
    • HTR1B, 5H1B)
    • HTR1D, 5H1D)
    • HTR1E, 5H1E)
    • HTR1F, 5H1F)
    • IPR001520
    • HTR5A, 5H5A)
    • IPR001069

Unclassified

References

External links

  • This database includes multiple sequence alignments of all GPCR families and sub-families.